内容来源： OpenScience

Linux, docker与Git入门

可重复性问题是当前基础研究（尤其是社会科学与生命科学）面临的重要挑战。可重复性有不同的层次，其中，比较基础的层次是计算的可重复性，即同样的数据、采用同样的分析方法流程，是否能够得到同样的结果。

在数据分析日益复杂的今天，要保证计算的可重复性也不简单。主要的原因在于：我们有众多进行分析的硬件和软件工具，而数据分析本身又有许多步骤，每一步的微小变化，经过其他步骤的进一步放大后，可能会对最后的结果造成很大的影响。

(Bowring et al., 2019, HBM)

许多研究者和工程师都在为解决这个问题而努力，以加强计算的可重复性。近年来，在心理学/认知神经科学相关领域，也开始重视这个问题并开始应用一些相应的软件工具。要去使用这些工具，我们必须拥有一些编程以及相关的基础知识，例如科学计算使用的操作系统Linux，对代码进行版本进行管理的Git，以及保持跨平台/硬件的计算环境的Docker。

我们非常有幸地邀请到了对这些工具有丰富使用经验的同行，与大家介绍这个工具在加强数据分析可重复性，尤其是fMRI/MRI数据分析的可重复性中的作用。

时间：北京时间6月13号晚上九点

Zoom: 980 6252 1513

本次分享将介绍如下三个部分：

Linux 基础教程

介绍人：王庆 (博士, Montreal Neurological Institute)

内容

• 1. 从Windows/Mac到 (Ubuntu)Linux；
• 2. Linux系统基础；
• 3. Shell基础与脚本；
• 4. Linux应用基础——部署自己的开发环境

fMRIprep 介绍

介绍人：苑瑞 (博士, Stanford)

内容

• 1.Docker 使用基本原理
• 2.fMRIprep 的预处理流程
• 3.fMRIprep 的使用案例

Git 与 Github

介绍人：王鑫迪 (博士，Montreal Neurological Institute)

内容

• 1 我们为什么需要使用Git
• 2 Git和GitHub基础
• 3 团队合作和科研成果共享
• 4 一些GitHub使用实例(DPABI, CIVET, freesurfer, HCP workbench）