内容来源: OpenScience
构建可重复性工作的步骤和流程
几乎所有的科学研究都会涉及数据、分析脚本等以生成可供展示的结果和图表。然而,想要对已有的发现进行重复验证并没有那么容易。即使你分享了数据和脚本,别人在验证过程中也难免遇到各种各样的问题。在本系列中,我们将带大家走进构建可重复性工作的步骤和流程(reproducible workflow),让他人可以轻松的重复出你的发现,避免“图片误用”这样的尴尬局面。该系列活动包括两部分:
第一部分:资料分享,帮助大家对如何构建可重复性工作有初步的了解,也帮助我们了解大家的有关需求和疑问;
第二部分:主题讲座,我们邀请了今年OHBM Traintrack-reproducible workflow的主讲人Stephan Heunis,在收集到大家的需求反馈后,他将于11月24日晚9点(北京时间)针对性的进行分享和讲解,内容将涵盖MyBinder for computational environments in the cloud, Python virtual environments, 以及DataLad for distributed data management。
本期为第一部分,请大家按需阅读和观赏。划重点,请大家在参阅了本期的视频和可操作资料之后,扫码告诉我们你对reproducible workflow的想法和需求(见文末)!
(1)General Introduction:
关于构建可重复性工作的基本规则、工具和平台
https://www.bilibili.com/video/BV113411k7u4?spm_id_from=333.999.0.0
(2)Handson Session:
根据所提供的可操作性资料熟悉“如何让你的代码在他人的机器上顺利运行,以及如何让他人在云端平台复现你的发现”。步骤参见ppt:
https://ohbm.github.io/handson-2021-reproducible-workflows/presentation/ohbm-handson-repro.html#/
相关资料亦可以访问github进行浏览和下载:
https://github.com/ohbm/handson-2021-reproducible-workflows
如果访问以上资料有困难,figshare和百度盘链接如下:
https://doi.org/10.6084/m9.figshare.16929721.v1
https://pan.baidu.com/s/1pz6yLYPNIMP6m9HslNGkHw 密码: mb4o
(3)Feedback:
请告诉我们你对reproducible workflow的想法和需求!
扫码反馈在这里
也可浏览器复制网址反馈
https://wj.qq.com/s2/9234846/5540/
注:
本期的英文资料均来自于OHBM Brainhack 2021,原资料请参见
1. https://ohbm.github.io/hackathon2021/traintrack/
2. https://github.com/ohbm/handson-2021-reproducible-workflows